卵巢巧克力囊肿是“肿块”但并非是“肿瘤”，它是子宫内膜异位症的一种病变。
正常情况下，子宫内膜生长在子宫腔内，受体内女性激素的影响，每月脱落一次，形成月经。如果月经期脱落的子宫内膜碎片，随经血逆流经输卵管进入盆腔，种植在卵巢表面或盆腔其他部位，形成异位囊肿，这种异位的子宫内膜也受性激素的影响，随同月经周期反复脱落出血，如病变发生在卵巢上，每次月经期局部都有出血，使卵巢增大，形成内含陈旧性积血的囊肿，这种陈旧性血呈褐色，黏稠如糊状，似巧克力，故又称“巧克力囊肿”。这种囊肿可以逐渐增大，有时会在经期或经后发生破裂，但很少发生恶变。
巧克力囊肿有遗传因素，只不过有的人不影响生育，有的人影响生育，有的人有病症的显示，有的人没有，有的人发展的快，不好，有的人没有太大的发展，所以这是个体差异，不一样，因人而异。